在《黑客帝国3：矩阵革命》中，尼奥无法成功摧毁“母体”，身体陷入昏迷，思想被困在介于“母体”和真实世界之间，被“火车人”掌控。墨菲斯和崔妮蒂得知情况后，在守护天使带领下找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过激烈战斗，成功救出尼奥。与此同时，机器乌贼部队对锡安展开猛烈攻击，人类机甲战士奋起抵抗；尼奥和崔妮蒂克服重重困难，到达机器城市，与“机器大帝”进行谈判并达成协议：尼奥除掉史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决战。