李健是一名洞穴探险专家，因为曾经的一次酒驾事故，导致他的儿子小宇左脚终身残疾，妻子刘芸无法接受李健的行为，提出了离婚，李健因此长时间感到内疚和自责。为了让小宇实现与父亲团聚的生日愿望，刘芸带着小宇来到了李健的工作地点。在湖水中突然出现的漩涡将一家人带入了神秘溶洞的地心深处。在这危机四伏的地底世界，有着嗜血的人形怪物，还有危险的外星巨兽，李健必须保护妻儿逃生，开始了他生命中最危险的地底历险之旅。这就是《怪兽2：史前异种》的故事。