《异形总司令》讲述了弗兰克·布雷恩等人因车辆故障被迫寻找避难所，却遇上了即将来临的离子风暴。他们偶遇马奎恩，一起躲进神秘的机舱内。在机舱内，他们展现各自专长，解决了食物、水源和电力问题。然而，弗兰克·布雷恩却在机舱内迷路，最终惨死。众人心怀惶恐，发现实验室的秘密，惊恐万分。马奎恩决定查出实验者名单，却导致保罗遭受不测。剩下的人陷入危险，他们能否顺利逃出机舱，揭开不明怪物的真相？