《地下忍者》是根据花泽健吾的同名漫画改编而成，讲述了曾经曾经辉煌一时的日本忍者，在二战后被GHQ解散后便消失无踪，但实际上他们已经渗透到了世界各个机构中，现代也在暗中运作，据悉人数大约有20万人左右。然而，基层忍者却常常找不到出路，其中一个叫做云隐九郎（山崎贤人 饰）的下忍，属于忍者组织“NIN”的底层成员，过着与啃老族别无二致的生活。某天，他被委以重任，需要调查战后70多年一直隐藏在地下的某个组织的行动，这个组织名为——“地下忍者”。忍术、智谋、最尖端科技等各种手段将会推动一场前所未有的战斗的拉开序幕。