在地球上，不止有人类生活，实际上有1500名外星人潜伏在我们中间，而星际移民局则负责处理与外星人有关的事务。一名普通的纽约警察爱德华兹因缘际会加入了这个组织，成为MIB的一员，代号J，从此失去了名字和身份，成为特警K的搭档。J面临的首要任务是应对虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他身上携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最佳来源也失踪了。如果虫族找到它，将对亚基伦人造成毁灭性打击。亚基伦人发出最后通牒，如果地球人一个小时内不能交出“银河系”，他们将摧毁地球。为了地球的安全，K和J必须挺身而出。