在《黑客帝国2：重装上阵》中，尼奥（基奴李维斯 饰）在上一部结局中意识到了自己的力量和使命，经历中弹后重生，变成了无所不能的“拯救者”。他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），以及舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，得到了人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定采取先发制人的策略，派遣了两万五千只电子乌贼袭击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂再度闯入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而原本应该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎发生了一些问题，脱离了“母体”的控制，具备了可怕的复制能力，阻碍着尼奥他们的行动。