或许在过去，或者在不远的未来，人类已经开始大规模向宇宙各地移民。当人口数量飙升至五百亿时，散落在星际各个角落的人类纷纷返回地球，却掀起了一场惨烈的归乡之战。为了保护地球这片神圣之地，人类制定了盖亚规定，约定任何人都不得侵犯。然而，曾经担任联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛了盖亚规定，带领着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为了一个被通缉逃犯已经一百年。联合舰队的长官伊索拉（森川智之 配音）派遣自己的弟弟亚马（三浦春马 配音）潜入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人所发明永动机的秘密。在此过程中，哈洛克率领船员驶向地球，而联合舰队则在太阳系设下重重阻碍他们的阻挠。久违的家园，深藏不露的真相，让所有人都感到震惊不已……这部影片改编自松本零士的经典科幻漫画。