20世纪90年代，一座巨型飞船降临在地球上方，引发了人们的恐慌和好奇。经过一段紧张的等待，外星飞船没有展现出任何动静。终于，人类小心翼翼地接近并进入飞船，发现里面居住着大量外星人。这些外星人外表丑陋，像虾一样，而且身体状况极差，虚弱不堪。原来他们是来自外星的难民，最终被人类接纳并居住在南非约翰内斯堡的一片区域，称之为“第九区”。随着时间流逝，外星难民数量增至180万，与人类不断发生冲突，越来越多人呼吁将他们驱逐。列国同盟组织（MNU）决定将外星难民迁至更为偏远的地区。MNU的外星事务部特工威库斯被派遣负责搬迁工作。威库斯态度傲慢，与当地居民发生冲突。最终，他因自己的行为遭受惩罚，被外星人的神秘物质感染，渐渐变成外星人的模样……