电影《最机密第三站》讲述了美国政府的生化实验室发生了意外，几种极其危险的病毒从容器中泄漏，导致实验室内的科学家们惨遭杀害。其中“撒旦病菌”尤为恐怖，能够致命无数人，而这种病菌可能已被某位狂人盗走。为此，当局不遗余力地追查并捉拿这位狂人，以阻止病菌蔓延。